Mai 2005

Diversité des écosystèmes intestinaux

L’écosystème des microbes d’un individu serait aussi unique que son empreinte digitale, selon une étude menée par des chercheurs de la Stanford University School of Medicine. Ceux-ci ont mis en évidence 395 espèces uniques de bactéries. La flore intestinale joue un rôle important en physiologie humaine et dans un large spectre de maladies. L’étude observe comment les communautés de microbes varient selon l’hôte, le régime alimentaire, la géographie, la maladie et d’autres variables.

Afin d’explorer l’écosystème intestinal, les chercheurs ont utilisé des techniques moléculaires permettant de détecter tous les types connus de microbes et appliqué des méthodes statistiques relevant de l’écologie et de la génétique des populations. Pour distinguer les types de bactéries parmi les centaines présents dans les échantillons, Paul Eckburg, principal auteur de l’étude, a tiré avantage d’une technique permettant de comparer la séquence génétique d’une molécule partagée par les bactéries et les archéens. Ces derniers sont des microbes génétiquement et biochimiquement très différents des bactéries, même s’ils leur ressemblent. La molécule 16S rRNA joue un rôle dans la transcription du code génétique. Son rôle apparaît donc très important. De petites variations dans les séquences du gène 16S rRNA permettent aux chercheurs de distinguer les types de bactéries.

Les chercheurs ont analysé, chez trois sujets bien portants, des échantillons de six sites anatomiques différents à l’intérieur du gros intestin ainsi qu’un échantillon de selles. Eckburg et ses collègues ont déterminé plus de 13.000 séquences de 16S rRNA. Près des deux tiers des bactéries identifiées sont nouvelles. Ceci signifie qu’elles n’ont pas de voisins génétiques proches dans les bases de données existantes qui contiennent les séquences sur toutes les espèces connues. Le fait de découvrir une telle proportion de bactéries non encore identifiées a étonné les chercheurs. La diversité des archéens s’est par contre avérée très limitée.

Les connaissances actuelles ne couvrent qu’une partie de l’ensemble des communautés intestinales d’un seul individu et les chercheurs avouent être encore loin de connaître celles des humains en général. Les différences entre individus étaient supposées, mais les observations le confirment de manière éclatante.


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